Защита прав человека осуществляется многочисленными органами, входящими в структуру ООН и шестью экспертными комиссиями, созданными согласно специализированным договорам, посвященным правам человека. Большинство органов, созданных в соответствии с уставом ООН, состоят из представителей государств и именно их мы рассмотрим первыми.

Согласно уставу ООН деятельность по защите прав человека осуществляется, главным образом, Советом Безопасности, Генеральной Ассамблеей, Экономическим и Социальным Советом, Комиссией по правам человека, Подкомиссией по поощрению и защите прав человека, Комиссией по статусу женщин и Комиссией по предупреждению преступлений и уголовному правосудию.

Совет Безопасности является главным органом ООН, на который возложена главная ответственность за поддержание международного мира и безопасности. Совет состоит из 15 членов, включая пять постоянных членов (Китай, Франция, Россия, Великобритания и США) и десять непостоянных членов, избираемых каждые два года Генеральной Ассамблеей. Согласно главе 7 устава, Совет Безопасности вносит рекомендации или решает, какие меры должны быть предприняты для восстановления международного мира и безопасности. Меры Совета Безопасности могут включать гуманитарную помощь, экономические санкции и военную интервенцию. С окончанием холодной войны, роль Совета Безопасности стала более заметной, поскольку ее члены стали более часто приходить к согласию по поводу определенных акций.

Активность Совета Безопасности становится более заметной, если сравнить количество акций, предпринятых во время и после холодной войны. Во время холодной войны Совет рассмотрел пять случаев на предмет того, можно ли квалифицировать определенные нарушения прав человека как угрозу миру для того, чтобы оправдать меры, предусмотренные главой 7 Устава ООН. Более того, в течение периода времени с 1948 по 1987 годы Совет Безопасности организовал 13 миротворческих операций. В период между 1988 и 1999 годами таких операций было проведено почти в три раза больше. В этот период Совет Безопасности организовал 36 миротворческих организаций. В добавление, связанная с правами человека деятельность ООН, основывающаяся на решениях Совета Безопасности, была с 1989 года предпринята более чем в десяти странах, включая Анголу, Боснию и Герцеговину, Бурунди, Камбоджи, Восточный Тимор, Эль-Сальвадор, Гватемалу, Гаити, Ирак, Косово, Мозамбик, Намибию, Никарагуа, Руанду, Сьерра-Леоне, Южную Африку, Западную Сахару и бывшую Югославию.

В 1993 году Совет Безопасности сделал дальнейший вклад в развитие прав человека, когда он наделил международный трибунал правом обвинять лиц, виновных за серьезные нарушения гуманитарного права в бывшей Югославии (Резолюция Совета Безопасности № 827 от 25 мая 1993 года). Трибунал публично обвинил более 100 лиц. 10 марта 1998 года главный обвинитель утверждал, что юрисдикция трибунала распространяется на случаи нарушения международного права, совершенные в Косово, например во время событий 1999 года, которые привели к бомбардировке Белграда и Косово силами НАТО. Кроме того, вслед за многочисленными убийствами в Руанде во время апреля 1994 года, Совет Безопасности учредил второй трибунал, используя тот же подход, что и в бывшей Югославии. Трибунал сфокусировался на привлечении к ответственности лиц, виновных в геноциде в Руанде. Трибунал по Югославии расположен в Гааге, Нидерланды, трибунал по Руанде расположен в Танзании.

На основании принципов Нюрнбергского и Токийского трибуналов, многих судебных заседаний в Германии согласно Закону Контрольного совета №10, принятого после второй мировой войны, военных трибуналов, созданных ad hoc по бывшей Югославии и Руанде Статутом от 17 июля 1998 года, был создан постоянный Международный уголовный суд (ICC). Данный суд начнет действовать, когда статут ратифицируют 60 наций. По состоянию на июнь 2001 года Статут о Международном уголовном суде был подписан 139 государствами, 33 государств его ратифицировали. Статут разрешит обвинение военных преступлений, геноцида, других преступлений против человечества, а также агрессии, как только будет принята норма, разъясняющая этот термин. Международный уголовный суд будет обладать также юрисдикцией в отношении отдельных личностей, которых правительства не смогли обвинить в национальных судах.

Международный Суд, который заменил Постоянный Суд Международного правосудия, является судебным органом ООН. Суд заседает во Дворце Мира в Гааге, Нидерланды. В него входят 15 судей, которые избираются Генеральной Ассамблеей и Советом Безопасности сроком на 9 лет (по одной трети каждый год). Устав ООН обеспечивает одновременно состязательную и совещательную процедуры. Состязательная процедура распространяется только на ситуации, когда государства-участники упоминали о ней и в тех случаях, когда договора и конвенции могут обеспечить вынесение решения Международным судом. Статья 38(1) Устава Международного суда определяет источники закона, которые применяются Судом для вынесения решения. В их число входят международные конвенции, обычаи, общие принципы права. Решения Международного суда являются обязательными только для непосредственных сторон и только относительно конкретного дела.

Во время второй мировой войны Постоянный Суд Международного правосудия принял несколько рекомендаций относительно договоров о меньшинствах, созданных в соответствии с Версальским договором и касающихся прав человека. Например, в 1923 году суд решил в своей рекомендации, что правительство Польши обязалось «гарантировать полную защиту жизни и свободу всем жителям Польши без различий, основанных на рождении, национальности, языке, расе или религии». Суд установил, что выселение немецких поселенцев из Польши нарушило бы обязательства государства в соответствии с договором о меньшинствах, в частности, имущественные права немецких меньшинств в Польше. В двух рекомендациях, касающихся города Данциг, Постоянный Суд международного правосудия применил принцип «Nullem crimen sin lege» (нет преступления без закона), чтобы выявить нарушение фундаментального права, в соответствии с которым человек может быть наказан «с соблюдением этой фундаментальной идеи права и распространенными в обществе нравственными идеями». Аналогичным образом, в другой рекомендации суд решил в деле о Юрисдикции Судов Данцига , что отдельные личности (в данном случае должностные лица железной дороги Данцига) имеют право на защиту со стороны администрации железной дороги от нарушения их прав, предусмотренных международным правом, в частности соответствующим договором.

Вскоре после своего учреждения Международный Суд принял свое первое решение в отношении прав человека. В частности, Суд указал, что поправки к Конвенции по геноциду могут быть приняты только в тех случаях, когда они соответствуют целям и задачам Конвенции. Суд отметил, что «принципы [связанные с правами человека] лежащие в основе Конвенции, являются принципами, признанными всеми цивилизованными нациями и являются обязательными для государств, даже если такие обязательства не возложены на них самой Конвенцией». В рекомендации от 1970 года Международный Суд указал, что продолжительное присутствие Южной Африки в Намибии является нарушением международного права, потому что правительство Южной Африки «дало заверение в том, что на территории, обладающей международным статусом, оно будет твердо придерживаться и уважать права человека и фундаментальные свободы всех людей, независимо от расовых различий. Установление, вместо этого, различий... основанных по принципу расовой принадлежности... отрицает фундаментальные права и является вопиющим нарушением целей и принципов Устава...». В своем решении от 1980 года по делу дипломатического и консульского персонала в Тегеране, Международный Суд указал, что «лишение людей их свободы и подчинение их физическому принуждению в условиях лишения является само по себе очевидно несовместимым с принципами Устава ООН, также как с фундаментальными принципами, сформулированными во Всеобщей Декларации Прав Человека. В 1986 году Международный Суд признал США ответственными за нарушение нормы международного обычного права, когда они не уведомили о минировании портов Никарагуа. В том же деле Суд признал, что публикация и распространение США руководства «Психологические операции в партизанской войне», которая советовала «нейтрализовать» определенных судей, офицеров полиции и должностных лиц Государственной Безопасности «противоречит статье 3 Венской Конвенции в части, касающейся... выполнения определенных актов без судебных гарантий».

В 1998 году Международный Суд единодушно указал на меры, которые необходимо принять правительству США для обеспечения того, чтобы узник - гражданин Парагвая Анджел Франциско Бред не был «казнен в ожидании окончательного решения суда, на том основании, что Бред не был уведомлен о его праве связаться с представителями консульства сразу после того, как он был арестован за убийство». Правительство США и Верховный Суд проигнорировали это требование, и Бред был казнен. Вновь в 1999 году Международный Суд постановил принять заявление Германии о том, чтобы обратиться к правительству США с просьбой «принять всевозможные меры в их распоряжении» для обеспечения того, чтобы двое граждан Германии не были казнены в Аризоне, в то время как Суд рассматривает последствия неспособности властей Аризоны по соблюдению требования уведомления консульской службы в соответствии с Венской Конвенцией о консульских сношениях. Международный Суд поддержал привилегии и иммунитеты должностного лица ООН по защите прав человека, которому государство препятствовало в посещении Подкомиссии по Предупреждению Дискриминации и Защите Меньшинств. В другом деле Суд установил, что Специальный Докладчик Комиссии по правам человека ООН, ответственный за предоставление докладов по независимости судей и юристов, обладает иммунитетом против возбуждения юридического процесса за клевету, за слова, сказанные им во время интервью, в отношении ситуации в его собственной стране. Международный Суд не дал исчерпывающего анализа вопросов, связанных с правами человека в своей рекомендации по угрозе или использованию ядерного оружия. В настоящий момент Суд рассматривает дело по жалобе Боснии и Хорватии в отношении Югославии за нарушение Конвенции по геноциду; жалобу Югославии, которая обвиняет НАТО в совершении геноцида и других нарушений международного права во время бомбардирования территории Косово; жалобу относительно международного вооруженного конфликта в Демократической Республике Конго.

Генеральная Ассамблея является наиболее авторитетным источником международных деклараций и конвенций. Вопросы, связанные с правами человека обычно обсуждаются в Третьем Комитете Ассамблеи. Генеральная Ассамблея также является наиболее представительным органом ООН по принятию решений, где все члены ООН имеют право голосовать. Более того, Генеральная Ассамблея избирает десять непостоянных членов Совета Безопасности, членов Экономического и Социального Совета (ЭКОСОС), регулярно изучает рекомендации ЭКОСОС и получает отчёты от нескольких органов по защите прав человека.

Генеральная Ассамблея обычно заседает с сентября по декабрь и рассматривает резолюции по нескольким сотням случаев. Генеральная Ассамблея рассматривает вопросы, связанные с правами человека несколькими путями. Например, она приняла резолюцию, провозглашающую 1995 год годом межнациональной терпимости, десятилетие ООН по образованию в сфере прав человека, десятилетие ООН против расизма, создала пост Верховного комиссара ООН по правам человека, приняла Декларацию о праве и обязанности отдельных лиц, групп и органов общества поощрять и защищать общепризнанные права человека и основные свободы. Кроме того, Генеральная Ассамблея сфокусировалась на таких вопросах как права детей, право на самоопределение, вопросах, связанных с расизмом и религиозной нетерпимости.

Несмотря на длительное противоречие между предусмотренным статьей 2(7) Устава ООН запретом на вмешательство во внутреннюю юрисдикцию государств и предусмотренной статьями 1, 55 и 56 устава необходимостью защиты прав человека, внимание Генеральной Ассамблеи на ситуацию, связанную с правами человека в конкретных странах постепенно возрастало. Это противоречие было устранено в середине 1970-х годов, когда Генеральная Ассамблея и Комиссия по правам человека пришли к согласию, что необходимо учредить рабочую группу для расследования нарушений прав человека в Чили. Вслед за этим практически все правительства приняли предложение о том, что права человека представляют вопрос международного значения, и что расследования ООН и резолюции не являются вмешательством во внутренние дела государств. Аргументы, основанные на внутренней юрисдикции в соответствии со ст. 2(7) время от времени предъявляются отдельными государствами, обвиненными в нарушении прав человека, но они не находят большой поддержки. В реальности государства-нарушители часто сами подрывают собственные позиции посредством поддержки осуждающих резолюций в отношении иных государств-нарушителей. С середины 1970-х годов Генеральная Ассамблея и иные органы ООН стали более часто выражать свое мнение и предпринимать акции в отношении ситуаций в определенных государствах, включая Афганистан, Камбоджи, Кубу, Эль-Сальвадор, Эстонию и Литву, Гаити, Ирак, Иран, Косово, Бирму, Руанду, Сомали, Судан и бывшую Югославию.

Экономический и Социальный Совет (ЭКОСОС) является международным органом, который действует под властью Генеральной Ассамблеи. Он состоит из 54 членов, избираемых Ассамблеей на срок 3 года. Совет обычно собирается на сессию сроком три недели каждый год поочередно в Женеве и Нью-Йорке. ЭКОСОС получает и обычно одобряет рекомендации Комиссии по правам человека и комиссии по статусу женщин. На Совет также возложены обязанности по наблюдению за соблюдением Международного пакта об экономических, социальных и культурных правах посредством Комитета ООН по экономическим, социальным и культурным правам. Более того, он распространил такие связанные с правами человека стандарты, как Минимальные стандартные правила обращения с заключенными и Принципы эффективного предупреждения и расследования внезаконных, произвольных и суммарных казней.

Комиссия по правам человека состоит из 53 стран-членов, избираемых Экономическим и Социальным Советом сроком на три года, собирается каждой весной в Женеве на шесть недель. Комиссия является наиболее важным органом ООН, специально созданным для защиты прав человека. Она может организовывать миссии для изучения и поиска фактов, подготавливать конвенции и декларации для утверждения вышестоящими органами, обсуждать конкретные нарушения прав человека в ходе публичных или частных сессий, инициировать предложения по улучшению процедур ООН по защите прав человека. Неправительственные организации, такие как Международная амнистия (Amnesty International), Наблюдатели за соблюдением правами человека (Human rights watch), Международная Комиссия юристов (the International Commission of Jurists), Комитет юристов по правам человека (the Lawyers Committee for Human Rights) и Международная лига прав человека (the International League for Human Rights) во время этих сессий обладают правом выражать Комиссии свое отношение по тому или иному случаю. Комиссия учредила три принципиальных подхода к серьезным и распространенным нарушениям прав человека: назначение докладчиков по странам и рабочих групп на основании резолюции ЭКОСОС №1235, рассмотрение ситуации в странах в рамках конфиденциальной процедуры на основании резолюции ЭСОСОС №1503 и изучение посредством тематических процедур ситуации в отношении принудительных исчезновений, незаконных своевольных наказаний, пыток, религиозной нетерпимости, наёмничества, незаконных своевольных задержаний, внутренне перемещённых лиц, насилия против женщин и так далее.

Подкомиссия по Содействию и Защите Прав человека (с 1946 по 1999 годы известная как Подкомиссия по предотвращению дискриминации и защите меньшинств ) является необычной, поскольку она состоит из 26 лиц, избираемых Комиссией на срок 4 года и являющихся отдельными должностными лицами, а не представителями государств. Подкомиссия рассматривает информацию, касающуюся нарушений прав человека и докладывает Комиссии ООН по правам человека. Подкомиссия часто является источником резолюций и идей, которые рассматриваются и принимаются Комиссией. При участии офиса Верховного комиссара ООН по правам человека , члены Подкомиссии подготавливают исследования проблем, связанных с тематикой прав человека. Кроме того, в сессиях Подкомиссии активно участвуют представители неправительственных организаций.

Комиссия по статусу женщин была учреждена Экономическим и социальным советом в 1946 году. Первоначально комиссия создавалась как подкомиссия. Однако хватило всего одного года, чтобы понять ее важность и реорганизовать в полноправную комиссию. Комиссия состоит из представителей 45 государств-членов ООН, избранных Советом на срок четыре года. Ее функциями являются подготовка для Совета рекомендаций и отчётов по реализации прав женщин в политической, экономической, гражданской, социальной и образовательной сферах. Комиссия также может подготавливать рекомендации для Совета по таким проблемам, связанным с правами женщин, которые требуют незамедлительного внимания. Комиссия обладает процедурой для получения конфиденциальных сообщений о нарушении прав человека, но эта процедура не является хорошо известной, не очень часто применяется и не является в настоящее время особенно эффективной. Целями Комиссии являются практическое внедрение в жизнь принципа равенства прав мужчины и женщины, разработка предложений, способствующих эффективности ее рекомендаций, принятие собственных резолюций и решений. К каждой сессии Комиссии по статусу женщин предоставляют свои отчеты Межамериканская комиссия по делам женщин и Комиссия по статусу Арабских женщин.

Программа ООН по предупреждению преступлений и уголовному правосудию до 1992 года управлялась Комитетом ООН по контролю за наркотиками и предупреждению преступлений, вспомогательным органом ЭКОСОС. Комитет, состоящий из двадцати семи экспертов, спланировал Конгресс ООН по предупреждению преступлений и обращению с заключенными. Комитет внес предложения и внедрил в жизнь рекомендации Конгресса. Главной ролью Комитета было поощрение обмена информацией относительно уголовной юстиции и производство стандартов, нарушение которых со стороны государств является основанием для их осуждения.

В 1992 году ЭКОСОС в соответствии с требованием Генеральной Ассамблеи распустил Комитет и заменил его Комиссией ООН по предупреждению преступлений и уголовному правосудию . Комиссия состоит из сорока представителей государств, а не независимых экспертов, как в Комитете. Функции Комиссии являются сходными с функциями Комитета и также включают дополнительную ответственность мобилизовать государства-члены ООН для поддержания предупреждения преступности и участия в программах по уголовному правосудию.

Существует много органов ООН, чья компетенция касается защиты прав человека. Например, в 1993 году Генеральная Ассамблея проголосовала за создание должности Верховного Комиссара ООН по правам человека. Его офис, осуществляющий свои полномочия под управлением Генерального секретаря, обладает главной ответственностью за деятельность ООН, связанную с правами человека, включая надзор за органами ООН по защите прав человека, продвижение и способствование всеобщей ратификации и внедрения международных стандартов, поддержание деятельности органов ООН по правам человека.

Другие органы ООН, которые работают над проектами, связанными с правами человека, включают Международную организацию труда (МОТ), как наиболее старую межправительственную организацию. Она опубликовала 191 рекомендацию и 183 конвенции, включая несколько договоров, имеющих отношение к правам человека (например, свобода ассоциаций, свобода от принудительного труда, права коренных народов). Комитет по свободе ассоциаций МОТ вынес решение по жалобе профсоюзов о посягательстве на их права, ее комитет экспертов периодически изучает отчеты государств в отношении стандартов, установленных договорами. МОТ также вносит вклад в обсуждения, проходящие в других органах, таких как Комитет по правам человека. Организация ООН по образованию, науке и культуре (ЮНЕСКО) опубликовала несколько договоров, имеющих отношение к правам человека (например, касающихся дискриминации в образовании). ЮНЕСКО учредила Комитет по Конвенциям и Рекомендациям, который изучает заявления о нарушении прав человека в отношении художников, авторов, ученых и учителей. Верховный Комиссар ООН по делам беженцев защищает беженцев и лиц, ищущих убежища и обеспечивает решение их проблем, включая репатриацию, переселение и местное поселение. Верховный Комиссар ООН по делам беженцев также стал главным гарантом гуманитарной помощи беженцам, включающих в себя жертв преследования и вооружённых конфликтов, а также внутренне перемещённых лиц. Организация по вопросам продовольствия и сельскому хозяйству (FAO), Детский Фонд ООН (UNICEF) и Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) также имеют программы, направленные на защиту прав человека в сфере их деятельности. Даже международные финансовые институты, такие как Международный Валютный Фонд и Всемирный Банк принимают решения с последствиями, касающимися прав человека; политика Всемирного Банка в одной из своих сфер деятельности может иметь последствия, имеющие отношения к правам человека, например политика в отношении принудительных переселений и коренного населения. Влияние на права человека торгового регулирования, осуществляемого Всемирной торговой организацией, является предметом горячих споров.